學校現有主校區、啟秀校區、鐘秀校區、啟東校區等4個校區，占地面積3700余畝，建筑面積100萬方米，教學科研儀器設備總值約8.1億元，紙質圖書270余萬冊。學校設有23個學院，104個本科專業（2018年招生專業85個），涵蓋文學、理學、工學、醫學、藝術學、經濟學、法學、教育學、歷史學、管理學等10個學科門類。全日制在校本科生38000余人，研究生2300余人，留學生750余人。另設有南通大學杏林學院（獨立學院）、國際教育學院、繼續教育學院和南通大學附屬醫院（直屬大型綜合三級甲等醫院）。

學校始終堅持人才培養的中心地位，全面深化教育教學改革，2007年以優秀成績通過教育部本科教學工作水評估，2017年高質量通過教育部本科教學工作審核評估。學校擁有國家專業、教育部第一批本科專業綜合改革試點、江蘇省品牌專業、江蘇省專業、江蘇省重點專業（類），以及國家級教學團隊、國家級教學成果獎、國家精品課程、國家精品資源共享課、國家精品教材、國家級實驗教學示范中心、國家級虛擬仿真實驗教學中心、國家級大學生校外實踐教育基地等一大批優質教學資源。學校是江蘇省首批教學工作先進高校、首批創新創業示范高校。

學校是國務院批準的博士學位授予單位，現有基礎醫學、臨床醫學兩個博士后流動站，基礎醫學、臨床醫學、信息與通信工程3個一級學科博士學位授權點，22個一級學科碩士學位授權點，10個碩士專業學位授權點。2個學科進入ESI學科全球排名前1%。擁有省高校國家重點學科培育建設點、江蘇省重點學科、江蘇省高校優勢學科、省臨床醫學重點專科、省高校優秀學科梯隊等，構建了較為完備的學科體系和學科建設長效機制。

學校堅持科技強校與自主創新，擁有國家地方聯合工程研究中心、國家重點實驗室培育建設點、教育部重點實驗室、省級重點實驗室、江蘇高校協同創新中心、省級公共技術服務臺、省級工程中心、省級工程實驗室、省高校哲學社會科學重點研究基地以及省高校優秀科技創新團隊等一批高端科技創新載體。五年來，共承擔“973”計劃課題、“863”計劃課題、國家科技支撐項目、國家科技重大專項、國家自然科學和社會科學基金項目486 項，獲發明專利授權867項，榮獲包括國家技術發明獎、全國創新爭先獎、何梁何利基金科學與技術進步獎、中華醫學成果獎、高等學校科學研究優秀成果獎、江蘇省科學技術獎、省哲學社會科學優秀成果獎在內的多項高層次獎勵。學校連續多年被評為江蘇省科技工作先進高校。

學校師資力量雄厚，現有教職工3180人，其中高級職稱以上1521人，博士、碩士生導師1106人，擁有中國工程院院士、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選、國家“”教學名師、國家“”專家、國家杰出青年科學基金獲得者、中科院“”入選者、國家有突出貢獻的中青年專家、奧運會冠軍、教育部優秀骨干教師、江蘇省有突出貢獻的中青年專家、江蘇特聘教授、雙創博士、省六大人才高峰、省“333”工程培養對象、省高校“青藍工程”培養對象等各類杰出人才。

學校廣泛開展境外交流與合作，與美國、加拿大、英國、法國、意大利、荷蘭、德國、丹麥、烏克蘭、澳大利亞、阿根廷、日本、韓國、馬來西亞，以及我國香港、澳門、臺灣等19個國家和地區的88所高校和科研院所建立了友好合作關系，開展多個國際交流項目。

學校是全國精神文明建設先進單位，全國精神文明建設典型“莫文隋”精神的發源地，江蘇省政治工作優秀單位，江蘇省文明單位標兵，江蘇省文明學校，全國普通高等學校畢業生就業工作先進集體、全國高等學校創業教育研究與實踐先進單位和江蘇省研究生招生管理工作優秀單位。校黨委被評為“江蘇省高校先進基層黨組織”，校黨校獲得“江蘇省紅旗基層黨校”稱號。

當前，學校正立足“有高水教學研究型大學”的辦學定位，緊緊圍繞江蘇高水大學建設要求和“十三五”事業發展規劃，堅持立德樹人根本任務，大力推進重點領域改革，加快完善內部治理體系，全面加強內涵建設，提升辦學質量，努力推動“有遠見卓識、有創新精神、有責任擔當、有文化品位”的“四有”大學建設不斷邁上新臺階。