禁止農村集體組織內部成員之間的房屋買賣和租賃，形成了宅基地使用權隨房流轉的事實，這就與現行政策對宅基地使用權流轉的限制規定產生了沖突。二是不同法律之間的矛盾�！锻恋毓芾矸ā返痊F行法律規定農村集體經濟組織成員每戶只享有一處宅基地使用權，但現實中因繼承、購買、申請等原因造成一戶村民擁有多處宅基地的現象廣泛存在，這就導致了繼承人合法的繼承權卻違反了土地管理法律的矛盾現象。三是同一法律的不同法條之間的矛盾。《物權法》第一百五十二條只規定了使用權人享有占有和使用的自由，并未規定其轉讓的權利。但是，該法第一百五十三條又對使用權的流轉作出了規定:“宅基地使用權的……轉讓，適用土地管理法等法律和國家有關規定�！背霈F了前后矛盾的情況。由于缺乏宅基地使用權流轉的相關法律規范，尤其是宅基地使用權的沒有強制登記制度，實踐中轉讓方與受讓方的權利不明，糾紛不斷。四是不同部門的法規互相牽制,對宅基地處理意見標準不統一。如“一戶一宅”的實施，目前農村一些因子女結婚后確需分戶而需要宅基地建房的，公安部門與國土部門，一個是需要取得宅基地才能單獨立戶，一個是需要取得戶籍才能審批宅基地，這樣的互為前置條件，導致難以落實。

3、農村宅基地權能的不完全性，導致農村宅基地管理的虛化和缺位。

長期來，農民對宅基地的權能只有占有和使用權，而沒有收益和處分權。一方面由于農村宅基地屬于福利性財產，在農村集體用地建設范圍被剔除。二方面由于法律法規和有關文件禁止宅基地的流轉，規定農民宅基地歸集體所有，農民可無償使用，不得轉讓、出租、抵押。但實際上收效甚微。比如“小產權房”等宅基地使用權隱形流轉已存在許久且愈演愈烈，這與法律規定相悖的社會現象嚴重存在著，而相關職能部門無法監控和制止，缺乏有效的監管措施。導致國家對宅基地使用權流轉缺乏規范性的指導，引發了農村住宅市場的無序和混亂。其次是由于農村宅基地權能的不完全性，也導致農村宅基地閑置浪費現象嚴重，閑置的宅基地長期得不到有效利用，造成了資源的浪費。再次是由于農村宅基地權能的不完全性，也導致城鄉發展的不協調。城鎮住房可以入市進行交易，而農村住宅卻無法進入市場自由流轉，這實質上反映了農村住宅和城鎮住宅地位的不等。也導致農村住宅市場有效需求不足，農村住宅價格偏低；另一方面，農民不能合法買賣、租賃或抵押自己的房屋，無法將房屋價值置換為可以變現的資本，也在一定程度上影響了農民增收、農村建設