學校始終以醫藥及相關行業發展需求為導向，圍繞學校辦學定位、突出藥學學科優勢、堅持藥學教育主線，適度拓展本科專業布局，持續優化本科專業結構，逐步形成了以藥為主，跨醫、工、理、管、經5個學科門類10個專業類的本科專業結構布局。共設置20個本科專業，其中國家級專業5個，有國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地、國家生命科學與技術人才培養基地。藥劑學、天然藥物化學、藥物化學、藥物分析學、藥學概論、分析化學、化學制藥工藝學、生物技術制藥等8門課程為國家級精品課程、國家級精品資源共享課程，藥學實驗教學中心為國家級實驗教學示范中心，藥劑學教學團隊、藥理學教學團隊和藥物分析學教學團隊為國家級教學團隊；成人本專科專業5個。

學校是國家批準有權授予博士學位、碩士學位和招收港、澳、臺地區學員及外國留學生、國內高中保送生的院校。現有博士后流動站2個（藥學、中藥學），一級學科博士學位授權點2個,二級學科博士學位授權點19個，一級學科碩士授權點7個，二級學科碩士授權點53個，碩士專業學位授權點4個。藥劑學科為國家級重點學科，中藥分析學為國家中醫藥管理局“十二五”中醫藥重點學科，學校2017年入選遼寧省一流大學重點建設高校。藥學和中藥學入選遼寧省高等學校一流學科，學校學科布局合理，鮮明，國內外學術影響力不斷提升。根據ESI最新發布的數據，學校進入全國百強，排名第96位；在全球高校和研究機構中排名1630位，3個學科穩定進入ESI全球前1%，收集論文數為4550，引用數為43951，篇均引用為9.66。我校6名教授再次入選2016 Elsevier中國高被引學者榜單，入選人數在國內高校中排名第52位，在“藥理學、毒理學和藥劑學”領域排名全國第一；在最新發布的《2017自然指數中國內地高校TOP100》中，學校以年度文章數14篇，加權文章總值7.13位居全球高校707位，在全國高校中排名94位。主辦的《沈陽藥科大學學報》和《中國藥物化學雜志》現已成為國家藥學類核心期刊。

學校學術氛圍濃厚，科研工作深入扎實。學校是國家中成藥工程技術中心、沈陽國家新藥安全性評價研究中心的重要組成單位，為國家化合物庫環渤海衛星庫牽頭單位，擁有國家級臺1個、國家教育部重點實驗室1個、國家發改委國家地方聯合工程實驗室1個、國家中醫藥管理局科研實驗室和研究室6個、省級重點實驗室（工程技術研究中心）25個、省級創新臺1個、省級協同創新中心1個、省級大學科技園1個、市級重點實驗室（工程技術研究中心）12個。“十二五”以來，共主持承擔國家、省、市等各級各類課題889項，其中國家“863”、“973”、國家重大科技專項、國家科技支撐計劃、國家自然科學基金等國家級課題214項，經費到款2.93億元；獲得國家科技進步二等獎1項，省、部級科技進步獎9項、市級獎勵5項，其中省、部級科技進步獎一等獎1項；獲得臨床批件6個，其中一類新藥臨床批件2個；申請中國發明專利636項，PCT專利10項，獲得中國發明專利495項、國際發明專利10項；出版科技專著、譯著70部；發表SCI收錄論文2566篇，SCI收錄論文數據居全國藥學院校的前列。其中，在國際著名刊物Nature Nanotechnology(IF=34)上發表論文，在全球首次揭示了碳納米管對甲基苯丙胺所致精神依賴性的顯著抑制作用。

學校孕育了一大批新藥創新成果，科學研究與應用實踐密切結合，在省內醫藥行業和經濟建設中發揮了重要作用，獲得了巨大的經濟效益和社會效益。與全國460余家知名企事業單位簽訂技術貿易合同、協議1066份，累計總成交額2.75億元，到款額1.39億元。共為企業提供創新品種100個，提供技術服務581項。創新產學研合作機制是推動學校科研成果省內轉化、提升成果輻射能力的重要抓手，除開展項目合作外，學校與東北制藥、遼寧藥聯等省內知名制藥企業簽訂了戰略合作協議，共建合作實驗室，針對企業感興趣的技術和領域，開展長期、有效的合作。

學校積極開展國內外學術交流與合作，先后與國內一些知名大學簽訂了合作辦學協議，實現資源共享；與美國、日本、英國、俄羅斯等19個國家和地區的67所高等院校及科研機構建立了合作關系。

面向未來，學校堅持“團結、勤奮、求實、創新”的校訓精神，并在“立足藥學，突出，注重質量，創新發展”的理念指導下，持續提升學校的核心競爭力和國際化辦學水，加快建設成為藥學教育領域鮮明、國內一流、國際知名的高水大學