學校辦學條件優良，教學實驗室和專業實驗室設施齊備。擁有國家遠洋漁業工程技術研究中心、國家海洋生物科學國際聯合研究中心、國家水產科學實驗教學示范中心、國家食品科學與工程實驗教學示范中心、上海海洋國家大學科技園；水產種質資源發掘與利用、大洋漁業資源可持續開發等教育部重點實驗室（省部共建），淡水水產種質資源與利用、水產品貯藏保鮮質量安全風險評估等農業部重點實驗室，國家水生動物病源庫、團頭魴遺傳育種中心、魚類營養與環境生態研究中心、中國漁業發展戰略研究中心、國家淡水水產品加工技術研發分中心（上海）、冷庫及制冷設備質量監督檢驗測試中心、大洋漁業資源環境觀測實驗站、遠洋漁業培訓中心等農業部中心臺。擁有3個上海工程技術研究中心、3個上海高校重點實驗室、1個上海市高校工程研究中心、1個上海高校協同創新中心、1個上海高校知識服務臺、1個上海高校水產養殖E-研究院、1個上海社會調查研究中心和1個上海高校人文社會科學重點研究基地等。建有國際海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遙感及漁業信息研究中心、淡水魚加工利用研究室等一批國際合作臺。建有我國唯一一家擁有CNAS和CMA資質認定的船舶壓載水實驗室，洋山港海洋生態系統野外科學觀測站、海洋測繪應用工程技術中心、食品安全研究中心等一批校級科研臺。學校在全國各地有157個教學實踐基地，包括在上海市浦東新區、浙江省象山縣的兩個科研教學基地。

學校建有上海海洋大學海洋科學研究院，下設海洋經濟研究中心、海洋文化研究中心、海洋政策與法律研究所、數字海洋研究所、海洋漁業遙感GIS實驗室、中美海洋遙感研究中心、海洋生態系統與環境實驗室、海洋生態環境與修復研究所、遠洋漁業工程技術研究中心、海洋工程研究所、海洋藥物與健康食品研究所、海洋生物系統和神經科學研究所、船舶壓載水檢測實驗室等13個研究機構。建有中國漁業發展戰略研究中心、公共管理研究所、外國語言研究所、翻譯與詞典研究中心、漁文化研究所，以及校史館、三史館、水生生物科技館、鯨館、大學生校園文化展示館，擁有國內外聞名的魚類研究室（標本室）。擁有現代化校園網絡，建有服務中國水產行業的中國水產網。學校圖書館現有紙質圖書約137萬余冊，電子圖書約92萬余冊，數據庫40余個，館藏資源突出學校的海洋、水產、食品。由學校承辦的《水產學報》、主辦的《上海海洋大學學報》為中文核心期刊、中國科技核心期刊和中國科技論文統計源期刊等，其中《水產學報》獲“中國百強報刊” “百種中國杰出學術期刊”等稱號，學校還主辦中國第一本水產類英文期刊《Aquaculture and Fisheries》。學校是上海市水產學會、上海市食品學會、上海市漁業經濟研究會和上海市延安精神研究會掛靠單位。

作為上海高校首批易班試點單位，學校先后獲得全國高校校園文化建設優秀成果特等獎、上海市教育改革實驗獎一等獎，2010年起連續多年被評為全國高校“百佳網站”以及“最佳思政創新獎”“最佳文明網絡社區獎”等單項獎，并多次榮獲“上海市教育系統優秀網站”、教育部中國大學生在線優秀校園網絡通訊站、上海市十佳易班學生工作站等稱號。學校校園文化豐富多彩，聘請著名表演藝術家秦怡、指揮家曹丁、作曲家陳鋼等一批藝術家為學校藝術兼職教授；擁有大學生藝術團等各類文體、科技學生社團90余個；定期舉辦大學生科技文化藝術節，連續多年被中宣部、教育部、團中央、全國學聯評為“大學生暑期社會實踐先進單位”。

學校與美國、日本、俄羅斯、澳大利亞、韓國等國家和臺灣、香港地區的大學和國際組織有著密切交流與合作，與24個國家的83所高校或科研機構簽署合作協議。與境外多所大學互派留學生，目前學校各類留學生人數共計170人，分別來自24個國家。學校長期參與中美海洋生物資源合作計劃，與聯合國糧農組織、亞洲水產學會、國際水生生物資源管理中心等建立了長期友好合作關系。

新時期的學校辦學目標：到2020年，把學校建設成為一所國際知名的海洋、水產、食品等學科優勢明顯，理、工、農、經、文、管、法等多學科協調發展，培養具有國際視野的創新型復合人才，教學科研并重，國際化、開放型的高水大學。