學校下設15個學院（部），擁有全日制本專科生12000人，全日制研究生2600余人,來自38個國家和地區的各類留學生269人；教職工1200余人，其中教學科研人員800余人，具有高級專業技術職務490余人，博士生、碩士生導師300余人。擁有雙聘院士2名、第一批“獎勵計劃”特聘教授1名、中央“”4名、國家杰出青年科學基金獲得者2名、“百千萬工程”國家級人才6名、國務院第七屆學科評議組成員2名、國務院政府特貼人員58名、國家“”科技創新領軍人才計劃1名、科技部中青年科技創新領軍人才1名、教育部新世紀人才2名、省級有突出貢獻專家2名、上海“”5名、上海市領軍人才6名、上海市優秀學科帶頭人9名、上海市優秀技術帶頭人2名、省市級教學名師3名、省級“百千萬人才工程”2名、一級學會會長4名，擁有上海市東方學者19名、青年東方學者6名、上海曙光學者19名、上海浦江計劃24名、上海科技啟明星12名、陽光學者8名、晨光計劃10名等為骨干的師資隊伍。

學校辦學條件優良，教學實驗室和專業實驗室設施齊備。擁有國家遠洋漁業工程技術研究中心、海洋工程裝備檢測試驗技術國際工程實驗室（海洋工程裝備船舶壓載水檢測實驗室）、國家海洋生物科學國際聯合研究中心、水產科學國家級實驗教學示范中心、食品科學與工程國家級實驗教學示范中心、上海海洋國家大學科技園；水產種質資源發掘與利用、大洋漁業資源可持續開發等教育部重點實驗室（省部共建），淡水水產種質資源與利用、水產品貯藏保鮮質量安全風險評估、大洋漁業開發、漁業信息等農業部重點實驗室，國家水生動物病源庫、團頭魴遺傳育種中心、魚類營養與環境生態研究中心、國家淡水水產品加工技術研發分中心（上海）、冷庫及制冷設備質量監督檢驗測試中心、大洋漁業資源環境觀測實驗站、遠洋漁業培訓中心等農業部中心臺。擁有4個上海工程技術研究中心、3個上海高校重點實驗室、1個上海市高校工程研究中心、1個上海高校協同創新中心、1個上海高校知識服務臺、1個上海高校水產養殖E-研究院、1個上海港口及海生態環境科技服務研發臺、1個上海專業技術服務服務臺、1個上海社會調查研究中心、1個經管學科研究臺和1個上海高校人文社會科學重點研究基地等。建有國際海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遙感及漁業信息研究中心、淡水魚加工利用研究室等一批國際合作臺。建有我國第一艘遠洋漁業資源調查船“淞航號”，我國唯一一家擁有CNAS和CMA資質認定的船舶壓載水實驗室，洋山港海洋生態系統野外科學觀測站、海洋測繪應用工程技術中心、食品安全研究中心等一批校級科研臺。擁有享譽國內外的魚類研究室（標本室）。學校在全國各地有192個教學實踐基地，包括在上海市浦東新區、浙江省象山縣的兩個科研教學基地。

學校設有國家智庫遠洋漁業國際履約研究中心、中國漁業發展戰略研究中心、上海海洋大學海洋科學研究院、海洋經濟研究中心、海洋文化研究中心、公共管理研究所、外國語言研究所、翻譯與詞典研究中心、漁文化研究所等研究機構。設有校史館（含三史館、大學生校園文化展示館）、博物館（含水生生物科技館、鯨館、遠洋漁業展示廳、“彩虹魚”深海科普體驗基地）等校史文博育人場館。

學校擁有現代化校園網絡，建有中國遠洋漁業數據中心和海洋高性能計算中心。圖書館現有紙質圖書約140萬余冊，電子圖書約98萬余冊，數據庫40余個，館藏資源突出學校的海洋、水產、食品。由學校承辦的《水產學報》、主辦的《上海海洋大學學報》為中文核心期刊、中國科技核心期刊和中國科學引文數據庫（CSCD）來源期刊，其中《水產學報》獲“中國百強報刊”“中國精品期刊”“百種中國杰出學術期刊”等稱號；主辦中國大陸地區第一本水產類英文期刊《Aquaculture and Fisheries》。學校是上海市水產學會、上海市食品學會、上海市漁業經濟研究會和上海市延安精神研究會指導單位。

學校是首批易班試點單位，先后獲得全國高校校園文化建設優秀成果特等獎、上海市教育改革實驗獎一等獎，2010年起連續多年被評為全國高校“百佳網站”以及“最佳思政創新獎”“最佳文明網絡社區獎”等單項獎，并多次榮獲“上海市教育系統優秀網站”、教育部中國大學生在線優秀校園網絡通訊站、上海市十佳易班學生工作站等稱號。學校校園文化豐富多彩，聘請著名表演藝術家秦怡、指揮家曹丁、作曲家陳鋼等一批藝術家為藝術兼職教授；擁有大學生藝術團等各類文體、科技學生社團90余個；定期舉辦大學生科技文化藝術節、研究生海川學術文化節，連續多年被中宣部、教育部、團中央、全國學聯評為“大學生暑期社會實踐先進單位”。

學校與美國、日本、澳大利亞、韓國等國家和臺灣地區的大學和國際組織有著密切交流與合作，與24個國家或地區的94所高校或科研機構簽署合作協議。與境外多所大學互派留學生，目前有來自30個國家和地區的各類留學生共計202人。學校長期參與中美海洋生物資源合作計劃，與聯合國糧農組織、亞洲水產學會、國際水生生物資源管理中心等建立了長期友好合作關系。

新時期的學校辦學目標：到2020年，爭取將學校建設成為海洋、水產、食品三大主干學科優勢明顯，理、工、農、經、管、文、法等多學科協調發展，對生物資源、地球環境、人類社會具有高度詮釋能力，多科性應用研究型、在國際上有影響力的高水大學。到2030年，圍繞“水域生物資源可持續開發與利用，和地球環境與生態保護”主線，建設對生物資源、地球環境、人類社會具有高度詮釋能力，在國際上有重要影響多科應用研究型高水大學。到2050年，將學校建設成世界一流大學。