山西醫科大學的前身是山西醫學傳所，創建于1919年。學校多次易名，數次遷址。1932年1月，改為私立山西川至醫學專科學校。1940年3月，更名為山西大學醫學專修科。1946年8月，升格為國立山西大學醫學院。新中國成立后，學校步入了一個嶄新的發展時期。1953年9月,獨立建校，更名為山西醫學院。1955年全國高校院系調整時，山西、江蘇、山東、浙江四所醫學院的衛生系合并組建了山西醫學院衛生系，成為全國保留有衛生系的六所高等醫學院校之一，并由全國著名衛生學專家、國家一級教授、原江蘇醫學院院長邵象伊擔任院長。1996年9月，更名為山西醫科大學。

學校現有兩個校區，占地1422畝，建筑面積55萬方米；固定資產總值10.8億元，其中教學科研儀器設備值3.1億元；紙質圖書141萬冊。位于山西省太原市中心的老校區以科學研究和研究生教育教學為主，主要承載部分醫學類專業本科生后期教育教學、醫學類研究生教育教學、部分科學研究、繼續教育和職業技術教育、社會服務和與之配套的管理和部分服務功能。位于山西省晉中市山西省高校新校區內的新校區以本科生教育教學為主，主要承載部分醫學類專業本科生前期教育教學、非醫學類專業本科生教育教學、部分科學研究、留學生教育教學和與之配套的管理和服務功能。

學校現有教職工醫護人員6000余人，教師1590人，研究生導師1226人。現有享受政府特殊津貼人員125名，國家級有突出貢獻專家2名；國家級教學名師1名，省級教學名師29名，省級研究生教育優秀指導教師17名；教育部新世紀優秀人才5名，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選2名，山西省學術技術帶頭人92名，山西省海外高層次人才“”入選者16名，山西省高等學校優秀青年學術帶頭人37名，山西省高等學校中青年拔尖創新人才7名；國家優秀教學團隊1個，山西省優秀教學團隊1個，山西省研究生教育優秀指導教師團隊4個；山西省科技創新團隊6個，山西省高等學校優秀創新團隊2個、山西省高等學校優秀創新團隊重點培育對象1個；中央聯系的高級專家5名，省委聯系的高級專家48名。一批教師榮獲全國或全省的模范教師、五一勞動獎章等榮譽稱號；一批教師在全國和全省的教師教學基本功競賽及各類科技獎勵中獲獎。

學校生源來自全國各省、市、自治區，現有在校生24815人，其中普通本科生15160人，碩士研究生3530人，博士研究生273人，成人本專科生5852人。建校以來，學校培養了以全國首枚“白求恩獎章”獲得者、“人民的好醫生”趙雪芳、中國工程院院士徐建國為代表的醫藥衛生專業人才9萬名。年來，學校積極調整人才培養層次結構，不斷深化教育教學改革，人才培養質量不斷提高；本科畢業生升學率在30%以上，畢業生就業率保持在80%左右。調查顯示，用人單位對我校人才培養的滿意度在90%以上，對畢業生專業學習能力、工作責任心等綜合素質的評價較高。

學校現有第一臨床醫學院（第一醫院）、第二臨床醫學院（第二醫院）、汾陽學院、基礎醫學院、公共衛生學院、藥學院、法醫學院、護理學院、研究生學院、人文社會科學學院、管理學院、馬克思主義學院、繼續教育學院（職業技術學院）、口腔醫學系（口腔醫院）、兒科醫學系、麻醉學系、醫學影像學系、外語系、體育教學部、計算機教學部、臨床技能教學模擬醫院21個直屬學院、系（部），晉祠學院1個獨立學院，上海東方臨床醫學院和檢驗學系合作共建院系2個。現有3所直屬附屬醫院，其中，第一醫院、第二醫院是山西省規模最大的綜合性三級甲等醫院、全國百姓放心醫院，技術力量雄厚，醫療水領先；口腔醫院是省內唯一一所三級口腔專科醫院，擁有一批先進醫療設備。另有18所非直屬附屬醫院，32個教學醫院，88個其它教學基地，15個研究生培養基地，2個科學研究基地。