隨著香港公務員隊伍規模變大，“長俸制”退休保障給政府財政造成很大壓力。特別是1998年至2005年期間，亞洲金融風暴和SARS疫情接踵而至，香港政府連年出現赤字。公務員薪酬津貼等開支占政府經營開支逾6成，在未來財政告急的緊張氣氛下，第二次公務員退休保障改革推行。

2000年，香港16萬公務員加入了強積金計劃，供款率和私企相同，統一為最低5%。此次改革令公務員退休保障徹底告別“長俸制”，公務員也加入了全香港的強積金計劃，相當于公務員和私企退休保障“并軌”。根據制度，雇員和雇主都需要將月薪至少5%注入強積金賬戶，為了不過多占用現時現金流，政府也設下了每個月最多供款1250港元的上限，而月薪低于7100港元的人士，則毋需供款。一般情況下，供款人要到65歲時才可提取，但如果遇到死亡、喪失行為能力、永久離港或提早退休，則可在65歲前支取。

5%只是最低供款額，政府也按照公務員在政府的工作年資來決定雇主供款比例。3年以下政府會將月薪5%注入雇員的強積金賬戶，3年至15年為15%，此后每5年再增加一定比例，直至30年以上無間斷工作的公務員，最多獲得25%的雇主供款。雖然私企也會給予高管或資深員工更高的供款率，但公務員系統的雇主供款率仍是遙遙領先。

強積金計劃也是香港政府在1999年推行公務員體制改革時提出的其中一項建議。“我們曾仔細研究現行的退休金制度，在促進私營機構和公務員系統交流人才方面，是助力、還是阻力?”時任公務員事務局局長王永說，之前的退休金制度更利于年輕時便加入政府，之后拾級而上的資深公務員，但在吸引高級公務員“空降”政府方面則缺乏賣點。改革的目標，是使公務員架構更開放、靈活和公正，以便吸納人才。

改變非晝夜發生，此前香港已經歷漫長的討論。香港政府自1966年起便開始研究不同的退休保障方案，先后提出過四種以上的方案，但都未獲得議會通過。社會的焦點是，如果政府“一視同仁”(對老者集中發放統一數額的退休金)，財政資源則不能得到最優分配，面臨“富裕者不需要、貧困者不足夠”的窘境。

直至1995年，政府提出《強制性私營機構退休保障計劃》，即現時的強積金制度，方案才獲得通過。立法和執行仍有5年的時距，2000年12月強積金正式運行。

每個人的供款組合可以自由選擇，政府和其他私企雇主會提供一個集成信托計劃，計劃內涵括保本、低風險、中風險和高風險成分的基金，雇員在入職時選擇，允許中途轉換。

年通脹猛于虎，萬物騰貴，退休金也水漲船高。政府遵循專門的《退休金(增加)條例》，每年按照甲類消費物價指數調整退休金和遺屬撫恤金，如2013年增加的幅度為3.5%。

在香港，私立醫院牙科、產科等收費非常昂貴，故很多私企將之劃歸為額外福利，每年限制使用或在醫保中剔除。公務員福利則涵蓋牙科和產科，還有4間只開放給公務員的診所。

除每個月給予金錢保障外，公務員事務局成立專門的退休公務員服務組，不定時地組織旅行聯誼，但鑒于樸素原則，僅為本地的一日游，去年便安排的是蒲臺島和鯉魚門。

回顧香港公務員退休保障的演變史，每次改革都讓政府“減負”，把沉重的養老負擔分散至商業養老保險(比如強積金)，也令政府和私企的養老保障互通互融，讓香港打工仔在職業選擇上更靈活，不至于受到養老金的束縛。