文山學院前身是1947年2月由云南昭通南遷至文山的國立西南師范學校，1955年10月，經云南省人民政府批準，在國立西南師范學校基礎上成立云南文山師范學校。1958年秋，在文山師范學校內開辦文山人民大學，招收師專和醫專各一個班，后因故停辦。1977年，經云南省教育廳批準，在文山師范學校附設師專班，1984年經云南省人民政府批準成立文山師范專科學校，全國人大原副委員長楚圖南先生為學校題寫校名，1992年更名為文山師范高等專科學校，2009年4月，教育部批準升格為全日制普通本科院校。

學校自創辦以來，始終堅持在“老、少、邊、山、窮、戰”地區辦學，走出了一條艱苦創業的發展之路。目前，學校占地面積923畝，校舍面積27萬方米，圖書館紙質藏書95萬冊，固定資產總值2.89億元，設備總值4747萬元；有在職教職工568人，其中專任教師457人，副高以上職稱教師158人（教授、研究員30人，其中二級教授1人；副教授、副研究員128人），擁有碩士以上學位教師280人，10余位教師先后被云南師范大學、昆明理工大學、云南農業大學聘為碩士生導師。學校下設文山三七研究院、文山州生物資源開發研究中心、文山民族文化傳承與創新研究中心3個學術科研機構，建有“云南省三七工程技術研究中心”、“云南省三七農業工程實驗室”、“云南省高校三七應用技術重點實驗室”、“云南省高校植物資源開發利用工程中心”、“趙大慶專家工作站”等省級研究中心、實驗室和專家工作站。綜合性學術期刊《文山學院學報》面向國內外公開發行。學校下設人文學院、政法經濟學院、數學學院、外國語學院、化學與工程學院、環境與資源學院、信息科學學院、教育科學學院、體育學院和藝術學院10個二級學院和政治理論課教學研究部，有49個本、專科專業(本科33個)，涵蓋文學、理學、工學、教育學、藝術學、歷史學、法學、管理學、農學9個學科門類。現有省級教學團隊2個，省級創新團隊1個，省級優勢重點學科1個，省級專業（群）5個，省級精品課程2門， 省“十二五”規劃教材2部，云南省教學名師3人，入選云南省技術創新人才培養計劃5人，入選“云嶺產業技術領軍人才”培養計劃1人；獲云南省高等教育教學成果二等獎1項。“升本”以來，教師獲各級各類課題立項283項，出版學術專著35部，參編著作、教材30部；獲國家專利授權10項，實現科技成果轉化8項，13項科技成果獲云南省科學技術進步二等獎，30余項獲州科學技術進步一、二、三等獎，1項獲州科學技術進步貢獻獎；發表學術論文2243篇，其中核心期刊199篇，SCI、EI收錄31篇。

學校始終堅持，遵循高等教育發展規律，加強對外合作交流，立足文山，面向云南，輻射東南亞，常年聘請美國、英國、越南等國外籍教師到校任教，先后招收200余名外國留學生來校學習，派出200余位師生赴歐美和東南亞國家留學、訪學。學校面向全國20多個省區（市）招生，現有全日制在校生8782人，成教學生3977人。已向社會輸送20000余名“下得去、留得住、用得上、干得好”的全日制本專科畢業生和10000余名成人本專科學生，培訓各級各類學員40000余人次，有力促進了區域經濟社會和教育事業發展，為邊疆民族地區的經濟發展、社會進步和國防鞏固做出了積極貢獻。

在長期的辦學實踐中，學校凝煉出“博思審問，明德篤行”的校訓，“存疑存思，追求真理”的學風，“言傳身教，盡器弘道”的教風，被評為“云南省文明單位”、“云南省文明學校”。涌現出“全國第四屆道德模范”霜福偉，中央電視臺推評的“最美村官”潘志艷、“最美鄉村教師”周鳳慧等一批享譽全國的先進典型，社會影響力明顯提升。

目前，學校正深入貫徹落實國家中長期教育改革和發展規劃綱要精神，以人才培養為中心，以學科專業建設為龍頭，以服務區域經濟社會發展為導向，調結構、強內涵、促發展，努力建設具有民族性、地域性、開放性的應用型本科院校。