玉溪農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院的前身是國家級重點中專??玉溪農(nóng)業(yè)學(xué)校，成立于1956年，1991年經(jīng)省教委評估為合格中專學(xué)校，1993年被省政府認定為省部級重點中專學(xué)校，2000年首批步入國家級重點中專的行列。

2002年3月22日，經(jīng)云南省人民政府批準、教育部備案，獨立升格為以舉辦高等職業(yè)教育為主的、面向全國招生的全日制公辦高等職業(yè)學(xué)院。玉溪農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院目前已經(jīng)形成以專科層次全日制高職教育為主，普通專科、成人本（專）科、普通中專、短期培訓(xùn)等為輔的多層次、多渠道、多形式的辦學(xué)格局。學(xué)校遵循現(xiàn)代職業(yè)教育發(fā)展的教育教學(xué)規(guī)律，以立德樹人為根本、以服務(wù)發(fā)展為宗旨、以促進就業(yè)為導(dǎo)向、以技術(shù)培養(yǎng)、以能力建設(shè)為重點，實施“六合”模式（工學(xué)結(jié)合、教練融合、校企聯(lián)合、校企合作、院院合作、院校合作），突出“三性三實”（突出實踐性、開放性和職業(yè)性；突出實驗、實訓(xùn)、實）；采用“學(xué)院＋企業(yè)＋基地”，“學(xué)院＋企業(yè)＋基地＋客戶”，“學(xué)院＋科研所＋基地”等的辦學(xué)模式；建設(shè)好兩個基地，即“高級應(yīng)用型技術(shù)技能人才培養(yǎng)基地”、“農(nóng)業(yè)科技研究和新技術(shù)推廣基地”，立足玉溪、服務(wù)云南、面向全國、拓展東南亞、辦人民滿意的教育，為云南現(xiàn)代高等職業(yè)教育和玉溪經(jīng)濟社會發(fā)展做貢獻。在60年的辦學(xué)歷程中，教育教學(xué)改革方面卓有成效，為社會培養(yǎng)出了3萬多名高素質(zhì)的現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技帶頭人和技能型人才，深受社會各界和用人單位好評。2012年，學(xué)院順利通過國家教育部人才培養(yǎng)工作的評估。

學(xué)院占地300余畝，擁有48個校內(nèi)實訓(xùn)實驗室、2個校內(nèi)農(nóng)場、1個養(yǎng)殖場，49個校外實訓(xùn)基地，多媒體教室48間，座位數(shù)3184個。教學(xué)行政用房3.3萬方米，教學(xué)科研儀器設(shè)備1427.2萬元，圖書館藏書37.2萬冊，其中電子圖書20萬冊，學(xué)生宿舍2.7萬方米。

學(xué)院下設(shè)農(nóng)林科學(xué)系、信息技術(shù)與電氣工程系、經(jīng)濟管理系、動物科學(xué)系、建筑與環(huán)境藝術(shù)工程系、食品藥品工程系，全日制在校專科生3711人，各類中短期培訓(xùn)在2700人次/年；學(xué)院有教職工246人，其中專任教師148人，校內(nèi)兼職教師59人，具有正高職稱5人，副高職稱61人，中級職稱98人，博士、碩士學(xué)位88人，雙學(xué)位1人，“雙師素質(zhì)”教師113人；省級教學(xué)名師2人，省級教學(xué)團隊2個；國家級心理咨詢師9人。

2008年煙草栽培技術(shù)專業(yè)校外實訓(xùn)基地建設(shè)成為了省級示范性實訓(xùn)教學(xué)基地。2009年畜牧獸醫(yī)專業(yè)校外實訓(xùn)基地建設(shè)成為了省級示范性實訓(xùn)教學(xué)基地。2010年，學(xué)院被云南省高職高專學(xué)會評為“云南省職業(yè)教育先進集體”。2012年煙草栽培技術(shù)專業(yè)獲中央財政“支持高等職業(yè)學(xué)校提升專業(yè)服務(wù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展能力”項目支持。

2012年，被云南省教育廳評為“云南省高等學(xué)校教學(xué)管理工作先進集體”。

2012年，煙草栽培技術(shù)專業(yè)獲中央財政“高等職業(yè)學(xué)校提升專業(yè)服務(wù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展能力”項目支持；2013年該項目通過中期驗收，其專業(yè)建設(shè)案例被遴選為教育部“高等職業(yè)學(xué)校提升專業(yè)服務(wù)產(chǎn)業(yè)能力”建設(shè)項目典型案例在全國進行推廣。

2013年學(xué)院成功申報為“云南省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)技術(shù)培訓(xùn)基地”；同年，云南省第110職業(yè)技能鑒定所榮獲 “云南省2013年度職業(yè)技能鑒定所先進單位”稱號。

年來年學(xué)院加大對外交流活動力度，面向南亞、東南亞10國舉辦了農(nóng)業(yè)技術(shù)國際培訓(xùn)班；加入了中國食品藥品職業(yè)教育聯(lián)盟，與江蘇食品藥品職業(yè)技術(shù)學(xué)院簽訂校際合作協(xié)議，并派出學(xué)生進行學(xué)習(xí)交流；與臺灣環(huán)球科技大學(xué)、臺灣國立屏東商業(yè)技術(shù)學(xué)院、臺灣屏東科技大學(xué)建立合作意向等。