福建雙一流大學有兩所，分別是福州大學和廈門大學。廈門大學是中國代教育史上第一所華僑創辦的大學，也是國家“211工程”和“985工程”重點建設的高水大學。

廈門大學設有研究生院、6個學部以及30個學院和16個研究院，形成了包括人文科學、社會科學、自然科學、工程與技術科學、管理科學、藝術科學、醫學科學等學科門類在內的完備學科體系。學校現有18個學科進入ESI全球前1%，擁有5個一級學科國家重點學科、9個二級學科國家重點學科。

福州大學是國家“雙一流”建設高校、國家“211工程”重點建設大學、福建省人民政府與國家教育部共建高校。學校創建于1958年，現已發展成為一所以工為主、理工結合，理、工、經、管、文、法、藝等多學科協調發展的重點大學。學校現設89個本科專業；38個一級學科碩士點、21個碩士專業學位授權點；11個一級學科博士點、2個二級學科博士點（不含一級學科覆蓋）；11個博士后科研流動站。學校擁有1個國家重點學科、1個國家重點(培育)學科，“化學科學與工程學科群”入選國家公布的世界一流學科建設名單，化學學科進入國際ESI學科排名前1‰，4個學科進入國際ESI學科排名前1%。