福州大學最好的王牌專業有電氣工程與自動化專業、化學類專業、機械設計制造及其自動化專業以及車輛工程專業等。

國家級專業：機械設計制造及其自動化、車輛工程、電氣工程與自動化、化學類、化學工程與工藝、土木工程、資源勘查工程。

省級專業：市場營銷、工業設計、計算機科學與技術、勘查技術與工程、物流管理、金融學、會計學、食品科學與工程專業、電氣工程及其自動化、材料科學與工程、通信工程等。

省級重點學科：化學、土木工程、化學工程與技術、數學、地理學、電氣工程、機械工程、計算機科學與技術、電子科學與技術、信息與通信工程、環境科學與工程、工商管理、管理科學與工程、藥學、材料科學與工程、應用經濟學、控制科學與工程、公共管理、地質資源與地質工程、法學、生物學、生物醫學工程、水利工程、建筑學、食品科學與工程、設計學。

省重點學科：土木工程、數學、管理科學與工程、電氣工程、機械工程、材料科學與工程。