吉林大學珠海學院是一所獨立學院，各專業學費不等。2018年學校動畫、視覺傳達設計、音樂表演、舞蹈編導專業學費均為27000元，中藥學、自動化、通信工程、金融學、制藥工程等專業學費均為24000元。

吉林大學珠海學院部分專業學費是呈上漲狀態的，比如音樂表演、舞蹈編導、動畫、視覺傳達設計四個專業針對2015級學生的收費標準是23000元，2016級是24000元，2017級是26000元，2018級是27000元。

吉大珠海學院有些專業學費是成等差數列遞增的，2015級收費標準是18000元，2016級是20000元，2017級是22000元，2018級是24000元，這樣的專業主要有：

信息管理與信息系統、市場營銷、旅游管理、電子商務、電子信息科學與技術、計算機科學與技術、國際經濟與貿易、汽車服務工程、物流管理、漢語言文學、廣告學、英語、軟件工程、機械設計制造及其自動化、工商管理、勞動與社會保障、行政管理、日語、人力資源管理、藥物制劑、朝鮮語、制藥工程、金融學、漢語國際教育、網絡工程、應用化學、自動化、中藥學、微電子科學與工程、化學工程與工藝、通信工程、社會工作、會計學、工業工程、車輛工程、測控技術與儀器等。

2018級金融工程、機械電子工程、應用統計學、體育教育、藥物分析等專業收費標準是24000元。工商管理2+2中外學分互認項目、酒店管理2+2中外學分互認項目等最新收費標準是34000元。在住宿費方面，2018級4人每生每學年2000元，水電費需要自己交。