胚胎干細胞不是全能干細胞。實際上，只有受精卵和早期卵裂球細胞具有發育為完整個體的能力，是全能干細胞。當胚胎發育到囊胚時，其干細胞具有分化為各種細胞類型的能力，是多能干細胞。

全能干細胞是能夠分化發育成為各種組織器官的細胞，其全能性很強。全能干細胞是指受精卵到卵裂期32細胞前的所有細胞。全能干細胞是指具有無限分化潛能，能分化成所有組織和器官的干細胞。具有形成完整個體分化潛能。胚胎干細胞就屬于這一種。胚胎干細胞在進一步的分化中，可形成各種組織干細胞，又稱多能干細胞，多能干細胞也叫APSC多能細胞，它具有分化出多種細胞組織的潛能，但失去了發育成完整個體的能力，發育潛能受到一定的限制。

多能干細胞，具有分化出多種細胞組織的潛能，但失去了發育成完整個體的能力，發育潛能受到一定的限制。骨髓多能造血干細胞是典型的例子，它可分化出至少十二種血細胞，但不能分化出造血系統以外的其它細胞。 2009年6月3日中國科學家肖磊領導的科研小組首次從豬的體細胞中培育出多能干細胞，這也是世界上首次提取出家養有蹄類動物的多能干細胞。

多能干細胞(Pluripotent Stem Cells)是一類具有自我更新、自我復制能力的多潛能細胞。在一定條件下，它可以分化成多種APSC多能細胞，多能干細胞(HSC)具有分化出多種細胞組織的潛能，但失去了發育成完整個體的能力，發育潛能受到一定的限制。