安徽醫科大學為省屬重點大學。前身是1926年5月創辦于上海的私立東南醫學院。1949年底響應華東局“面向農村，走向內地”的號召，內遷安徽省，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952年改名為安徽醫學院。1996年6月經國家教委批準，更名為安徽醫科大學。學校位于安徽省會合肥市，校園環境優美，交通便利。

學校堅持規模、結構、質量、效益協調發展，教育質量不斷提高。學校的辦學定位是建設高水教學研究型醫科大學。學校將現代著名教育家蔡元培先生為學校前身東南醫學院師生的題詞“好學力行，造就良醫”確立為校訓，弘揚“愛國愛民，獻身人類健康”的光榮傳統，秉承“興國、奉獻、仁愛”的育人理念，倡導踐行“求真、求精、求新”的校風學風。
學校現有基礎醫學院、公共衛生學院、口腔醫學院、衛生管理學院、藥學院、護理學院、生命科學學院、人文社會科學學院、公共基礎學院、研究生學院、國際教育學院、成人教育學院（繼續教育學院）等25個直屬教學機構。

學校擁有4所直屬附屬醫院（第一附屬醫院、第二附屬醫院、第四附屬醫院、附屬口腔醫院??安徽省口腔醫院）、6所非直屬附屬醫院（附屬省立醫院、第三附屬醫院??合肥市第一人民醫院、附屬合肥醫院??合肥市第二人民醫院、附屬安慶醫院??安慶市立醫院、附屬六安醫院??六安市人民醫院、附屬巢湖醫院??巢湖市人民醫院）。學校堅持開放、合作、共贏的方針，與中國人民解放軍軍事醫學科學院建立戰略合作伙伴關系，并在解放軍北京軍區總醫院、空軍總醫院、海軍總醫院、武警總醫院、306醫院、307醫院、新疆自治區人民醫院等建立臨床學院，目前臨床學院達40余所，各專業實踐教學基地100余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東、福建、新疆等省市區。
學校設有臨床醫學（七年制）和臨床醫學（五年制）、口腔醫學、預防醫學、生物技術、護理學、衛生事業管理、藥學、中藥學、醫事法學、食品質量與安全等30個本科專業（方向）。擁有臨床醫學、藥學2個博士學位授權一級學科點，共27個博士學位授權學科點，擁有臨床醫學博士專業學位授予權，有9個碩士學位授權一級學科點，74個碩士學位授權學科點。建立了藥學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站。皮膚病與性病學為國家重點學科，病理科為國家臨床重點專科，中藥藥理學為國家中醫藥重點學科，有19個省級重點學科，42個省級臨床醫學重點學科和重點扶持學科；建有1個科技部省部共建國家重點實驗室培育基地，2個教育部省部共建重點實驗室、13個中央（財政部）與地方共建實驗室，22個省級以上（重點）實驗室（工程技術中心、科技公共服務臺），是國家藥品臨床研究基地。有2個安徽省科技創新團隊，1個安徽省“115”科技產業創新團隊。《流行病學》、《臨床藥理學》是國家級精品課程，預防醫學、藥學、臨床醫學、公共事業管理專業是國家級高等學校專業建設點，臨床藥理學教學團隊為國家級教學團隊。獲得國家級教學成果二等獎一項。

在校生共16673人，其中博士生179人、碩士生2728人、普通本科生13671人。另有留學生、港澳臺研究生95人、成人教育學生7187人。
在職教職醫護員工3733人，專任教師隊伍中具有博士、碩士學位的教師占78.8%，博士生導師127人，碩士生導師913人，3人擔任國家級專科學會主任委員（中華醫學會皮膚性病專業委員會、中國藥理學會臨床藥理專業委員會、中華預防醫學會衛生事業管理分會），7人入選國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選，有教育部骨干教師2人，衛生部突出貢獻中青年專家5人，“皖江學者”特聘教授2人，教育部高校醫藥學科指導委員會專家5人，省學術技術帶頭人及后備人選、省衛生系統學術技術帶頭人127人，省高校學科拔尖人才12人，省高校優秀中青年骨干教師29人，享受國務院及省政府特殊津貼201人。學校聘請20位海外教授，組建“海外兵團”，廣泛吸納高層次人才。
5年來，學校共承擔“863”、“973”計劃、國家科技支撐計劃和國家自然科學基金項目等192項。國家自然科學基金立項數年來保持安徽省屬高校領先地位。年來獲國家科技進步二等獎一項、高校自然科學技術獎一等獎一項、中華醫學科技獎一等獎三項、中華醫學科技獎醫學科普獎一項。2009年度，我校發表論文全國高校排名第44位，全國醫藥類高校排名第12位，國內論文被引全國高校排名第66位。先后以責任作者單位在《新英格蘭醫學雜志》、《自然遺傳學》等國際著名SCI刊物發表多篇高水研究論文，在復雜疾病易感基因研究上居國內領先水。我校張學軍教授研究組利用全基因組關聯研究發現銀屑病、白癜風和麻風病易感基因的研究成果被評為2010年度中國科學十大進展之一。
學校成立了臨床藥理、皮膚病、衛生事業管理等65個省、校級研究所。編輯出版的國家級及面向全國發行的期刊有《安徽醫科大學學報》、《中國藥理學通報》、《臨床與實驗病理學雜志》、《中華疾病控制雜志》等15種。學校藏書86萬余冊，中外文印刷期刊及網絡電子版期刊30余萬冊，為全國生物醫學文獻資源共享網絡安徽省級中心館。
學校同德國、瑞典、美國、加拿大、日本、韓國以及臺灣、香港地區的高等院校開展了密切的交流，雙方互派專家學者、互派學生、相互交流信息資料、共同開展科研合作。