安徽中醫藥大學創建于1959年，其前身為1952年創立的安徽省中醫進修班(學校)。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫學院并入安徽醫學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫學院。2000年，安徽省醫藥學校并入安徽中醫學院。2011年，省政府批準在安徽中醫學院的基礎上組建成立安徽省中醫藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫學院更名為安徽中醫藥大學。

學校是國家中醫臨床研究基地、國家中藥現代化科技產業(安徽)基地、國家中醫藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、碩士研究生推薦免試單位。2005年以良好成績通過國家教育部本科教學工作水評估，2009年學校以優異成績通過國家教育部中醫學專業試點認證。少荃湖新校區建設被列入安徽省“861”計劃，2013年上半年一期工程竣工并投入使用。

學校現占地總面積1171畝，有梅山路、史河路、少荃湖三個校區。東校區坐落于合肥市梅山路103號，西校區坐落于合肥市史河路45號，少荃湖校區坐落于前江路。教學科研儀器設備總值13872萬元。圖書館藏書175萬冊(其中紙質圖書94.32萬冊)，古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥標本中心儲藏了11萬份藥用植物臘葉標本，是全國醫藥院校珍藏標本最豐富的標本館。新安醫學文化中心是安徽省中醫藥文化宣傳教育基地。

學校現有全日制在校生13205人(其中博士生、碩士生1059人)。現有13個二級學院(部)、3所直屬附屬醫院、4所非直屬附屬醫院。現有教職工2500多人(含兩所附院)，其中副高以上職稱人員500余人。國醫大師1人，安徽省高校領軍人才5人，博士生導師22人，碩士生導師333人;享受國務院特殊津貼23人、省政府特殊津貼8人;安徽省學術與技術帶頭人、后備人才25人;國家名老中醫學術經驗項目指導老師26人。有來自國內外的56名知名專家學者擔任我校客座教授。

學校現有23個本科專業(其中國家教育部高等學校專業5個，19個專業列入一本招生)，有2個一級學科博士學位授予點，4個一級學科碩士學位授予點、25個二級學科碩士學位授予點、4個碩士專業學位授權點。有安徽省學科建設重大項目2個、國家中醫藥管理局重點學科17個，省級B類重點學科11個，7個衛生部國家臨床重點專科，21個國家中醫藥管理局重點建設專科、23個安徽省中醫藥重點專科。