學校現有銀湖校區、濱江校區、赭麓校區三個校區，占地700余畝，各類建筑35萬方米。其中，新校區瀕臨長江，綠水環繞，設施齊全，環境優美，徽派建筑風格與現代氣息相得益彰，也是我校辦學的主校區。本科教育設有臨床醫學、法醫學、口腔醫學、麻醉學、影像醫學、藥學等22個專業，護理、藥學2個專科專業，涉及醫、理、工、管、經、法6個學科門類；現有生物學、基礎醫學、臨床醫學等3個碩士一級學科授權點，包括生理學、神經生物學、病原生物學、病理學與病理生理學、法醫學、內科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、婦產科學、腫瘤學、麻醉學、中西醫結合基礎、藥理學及應用心理學等31個二級學科，基本涵蓋了基礎醫學及臨床醫學各學科。現有各類在校生2.7萬余人，其中本科15302人，專科1366人，研究生666人，成教學生9000余人。
現有教職醫護員工3954人，其中高級職稱560人。具有一支結構合理、素質優良的師資隊伍，年來，先后有7名教師分別榮膺全國、全省優秀教師，全省模范教師的光榮稱號，41人享受政府特殊津貼，1人入選教育部優秀人才支持計劃，2人為省高校學科拔尖人才，5人為省學術和技術帶頭人，16人為省學術和技術帶頭人后備人選， 9人為省中青年學科帶頭人培養對象，11人為省優秀中青年骨干教師。
現有國家級專業建設點1個、省級重點學科2個、省專業8個（含法醫）、省級人才培養模式創新實驗區1個、省級示范實驗實訓中心3個（藥學省級示范實實訓中心，病原生物學省級示范試驗實訓中心、臨床技能實踐教學中心）、省級人文社科重點研究基地1個、省級校企合作實踐教育基地4個、省級專業綜合改革試點9個、省級卓越人才教育培養計劃6項、省級精品課程17門、省級教學團隊6個、省級工程技術研究中心1個、活性生物大分子研究安徽省重點實驗室1個、國家中醫藥管理局三級實驗室1個、國家藥物臨床試驗機構1個、省臨床醫學重點學科1個、省重點發展學科3個、省專科6個。公開出版《皖南醫學院學報》、《中國臨床藥理學與治療學》2種學術期刊。圖書館藏書95萬冊、電子圖書70萬冊，中外文期刊1124種。年來，我校與美國、日本、新加坡、德國等國家以及香港、臺灣地區的高校及研究機構廣泛開展學術合作交流，形成了對外交流的新格局。
設夜大學及成人教育學院各1所，并依托北京大學醫學網絡教育學院聯合辦學。現有臨床（護理）學院10所、實踐教學基地129所，其中直屬附院2所、非直屬附院6所。第一直屬附院弋磯山醫院建于1888年，由美國美以美基督教會創辦，是安徽省第一所西醫醫院和全國首批三級甲等醫院，開放床位2300余張，年門診量168萬人次，是皖南及皖江地區醫療、預防、康復、急救的中心。弋磯山醫院是國內最早從事護理學教育的單位之一，1926年該院主辦的“懷讓高級護士學校”，曾在國內享有很高的聲譽，學校正、副校長同時出任“中華看護學會”第八、第九屆正、副會長。第二直屬附院建于1949年，原為宣城地區人民醫院，2012年經省政府批準整體劃歸我校。該院開放床位930張，是一所集醫療、教學、科研、預防、保健、康復于一體的三級甲等綜合醫院，具有一批有較高聲譽的重點專科、專科。2015年3月，附屬口腔醫院獲批立項建設，目前正在籌建之中。
在長期辦學歷程中，我校擁有一批誨人不倦的知名教授，他們當中有創建了我國首個神經病專科病房、撰寫首部神經精神專著的劉貽德教授；有我國定量藥理學創始人之一的孫瑞元教授；有潛心本草研究六十載，輯復了經典名著《新修唐本草》的尚志鈞教授；有國醫大師、全國七名內經專業導師之一的李濟仁教授；有德技雙馨、我校捐贈遺體第一人的汪桐教授。我校更有一大批愛崗敬業的優秀教師、勞動模范、學科帶頭人和骨干教師。正是一代代皖醫人的薪火相傳、無私奉獻，奠定了學校事業的基礎，成為學校最寶貴的辦學資源。
辦學以來，在“精醫、尚德、求實、自強”校訓的基礎上，凝練出“艱苦創業，求實自強，奉獻社會”的皖醫精神，形成了優良的辦學傳統。認真貫徹黨的教育方針，堅持面向社會、面向基層的辦學方向，為國家輸送了三萬余名醫療衛生人才，為我省乃至全國的醫療衛生事業發展作出了積極的貢獻。
幾年畢業生就業率均在95％以上，在全省高校中處于靠前位置，多次榮獲省就業工作先進單位稱號。站在新的歷史起點上，學校明確了逐步建設成為以醫學為主、多學科協調發展、布局合理、結構優化、鮮明的教學研究型、地方高水院校的發展目標。面對新形勢新任務，學校將秉承優良辦學傳統，深入貫徹落實科學發展觀，繼往開來，銳意進取，努力譜寫皖南醫學院發展的新篇章！