在長期中德合作基礎上，學校于2003年率先提出“地方性、應用型、國際化”的辦學定位，圍繞培養學生創新和實踐能力這一中心，推動辦學定位、專業結構等八個轉變，系統構建了應用型人才培養體系。目前“地方性、應用型”已寫入教育部本科教學合格評估體系，成為國家標準。

2005年起，學校按照“系統設計、分步實施、項目推動”的原則，圍繞專業、人才培養方案、教師、學生和保障機制等關鍵要素，以學生為中心，在調整專業結構、修訂人才培養方案、重構課程體系、改革教學方法與手段、應用型師資隊伍和質量監控體系建設等方面進行一體化設計與改革。2009年獲得國家教學成果二等獎。根據劉延東同志和陳希同志批示，教育部總結形成《關于合肥學院等地方高校應用型人才培養模式的調研報告》在全國推廣。

2009開始，根據國際高等教育發展新趨勢，突破學科定勢，開展能力導向的模塊化教學改革。，學校獲國家教學成果一等獎，是省屬高校獲得的唯一最高獎項，校黨委書記蔡敬民獲得等中央的親切接見。2015年獲第四屆全國教育改革創新特別獎。2016年聯合德國大陸集團、德國應用科學大學設計“雙元制”高等教育專業，探索產教融合新模式。

五年來，全國600余所高校、6000多人次組團來校專題學習應用型高校建設經驗。按照教育部安排，學校先后30余次為全國地方本科院校黨委書記、校長培訓班、轉型培訓班等作教學改革報告。為兄弟省教育廳和高校做120余場專題報告。

幾年來，《人民日報》《光明日報》《中國教育報》《中國青年報》《新華每日電訊》先后60多次報道學校改革發展情況。新華社《國內動態清樣》和《內部參考》先后4次報道學校改革發展成果。2016年9月，教育部評估中心領導在對學校審核評估反饋會上指出，合肥學院是全國應用型本科院校第一方陣的排頭兵。教育部正在總結推廣“安徽現象、合肥模式”。

2009年以來，學生獲得各類科技競賽省級以上獎項1160項，其中國家級獎項343項、一等獎和特等獎59項，多個獎項為全省高校唯一或首次。如第十屆“西門子杯”中國智能制造挑戰賽全國總決賽特等獎（第一名）。中德青年學生創業孵化中心入駐創業團隊30家，注冊公司14家。2016年有145項國家級和375項省級創新創業項目立項，新增18項大學生創客實驗室建設計劃，保持全省高校第一。

畢業生就業簽約率始終保持在96%以上，連續多年位居全省前列，被評為全省高校“就業工作標兵單位”。其中，60%畢業生在合肥就業，80%在安徽就業。2015、2016年，文、理科二本招生投檔最低分均雙雙位居全省第一。2017年，學校共有38個專業進入省一本招生。

學校按照“專業設置對接行業產業發展需要，人才培養目標對接產業人才需求，專業培養目標對接崗位能力要求”的原則，以需求為導向，科學確立應用型人才培養目標，推進產教融合。學校55個本科專業基本涵蓋安徽省電子信息、裝備制造、化工、現代物流、家電等主導產業和新能源、新材料、節能環保等戰略性新興產業。按照“培養信念執著、品德優良、勇于創新、敢于創業、生產一線關鍵技術與管理崗位以及服務社會的高素質應用型人才”的人才培養總目標，實現合作辦學、合作育人、合作就業、合作發展。

科研工作緊扣學校“應用型”辦學定位，堅持科技創新、服務地方經濟的研究導向，“十二五”以來，積極承當國家水專項項目和安徽省重大科技專項項目；獲得國家自然科學基金、國家社會科學基金、省部級基金、安徽省重大專科技專項等研究項目的數量逐年增加，科技創新與服務地方經費總量逐年攀升。學校注重高水研發臺建設工作，已建兩個院士專家工作站，重點開展水環境治理及污染控制和功能性離子液體動力電池電解液的研究工作；獲批安徽省第七批博士后科研工作站、安徽省環境污染防治與生態修復協同創新中心、城市固廢處理與資源化利用安徽省工程技術研究中心、安徽省現代電子控制與檢測應用技術協同創新中心、環巢湖文化與經濟社會發展研究中心、以及省級工程技術中心、行業中心和重點實驗室等11個省級臺；為對接區域戰略新興產業、支柱產業和服務地方經濟發展，學校建有校級研發臺，重點開展軌道交通施工安全控制技術、“互聯網+”與智能信息處理、現代電子控制與檢測、食品研發與質量控制、現代服務業等方面的研究工作。年來，獲得省部級科技成果獎13項，出版學術著50余部，連續兩年獲得安徽省專利百強榜。

通過柔性引進，聚集了包括國家杰出青年科學基金獲得者王祥科、“”章罕、“”萬印華、中國科學院院士張鎖江、皖江學者羅熙淳等一批領軍人才。通過實施了“1251”人才計劃，引進一批高質量、高層次的德籍人才，一批高端的科技創新團隊正在形成。

發揮省級重點研究基地“環巢湖文化與經濟社會發展研究中心”作用，傳承和發展區域文化。承辦“海峽兩岸（合肥）紀念劉銘傳首任臺灣巡撫130周年學術研討會”。編撰《大湖名城——合肥地域文化研究叢書》。承擔“傳統文化傳承、創新與價值轉化”重大項目《大湖名城——合肥文化十講》等。五年，人文社科應用性成果的數量一直在全省高校中名列前茅。

1985年，安徽省和德國下薩克森州簽訂共建合肥聯合大學協議，學校成為德方在中國重點援建的兩所示范性應用型高校之一。目前，學校同德、韓、日、美、意、西、奧、英、俄等國及臺灣地區60所大學建立了合作關系。有3個教育部批準的中外合作辦學專業，10個中外合作培養專業，共有3700多名學生赴國外留學，1400余名德國、韓國、俄羅斯學生來校學習、實。

學校發揮橋梁作用，以教育自信推動民間外交。4位外國專家獲得中國政府“友誼獎”，4位專家出席了2016年、2017年李克強總理的外國專家新春座談會。2015年，3位外籍客座教授應邀參加紀念中國人民抗日戰爭暨世界反法西斯戰爭勝利70周年活動。2000年以來，先后有300多個德國政府、社會團體、友好學校及企業的代表團訪問學校。包括德國駐華大使施明賢，兩任韓國駐華大使金夏中、李揆亨，現任德國副總理、經濟與能源部部長加布里埃爾，現任德國聯邦教研部長婉卡等政要先后訪校。原德國聯邦總統、現任全球中小企業聯盟主席武爾夫兩次訪問學校。今年6月，他將再次訪問學校。

2016年，學校成為中德經濟顧問委員會唯一高校成員單位。“中國安徽——德國中心”和“中國合肥——韓國中心”為安徽省政府、企業對外合作提供服務。協助合肥市引進德國大陸輪胎公司、西偉德集團和“韓國城”項目。德國物流協會在我校設立德國物流協會合肥分會。幫助合肥市與德國奧斯納布呂克市、羅斯托克市、韓國瑞山市結為友好城市。幫助黃山市與德國施特拉松德市結為友好城市。

2016年8月30日，我校在德國施特拉爾松德市建立了第一所孔子學院，這也是安徽省在西歐的第一所孔子學院。默克爾總理應邀為孔院揭牌，被譽為“孔子學院發展史上的里程碑”。承辦了7屆“漢語橋”德國中學生夏令營活動、9屆韓國語演講大賽、2屆“合肥學院杯”漢語演講比賽。

2015年10月30日，國務院總理李克強和德國總理默克爾共同視察合肥學院。李克強指出：“合肥學院30年來的發展壯大是中德務實合作的成功典范”，用“三十而立、卓有成效、根深葉茂”概括了中德合作共建合肥學院三十年的成果，寄予再創“中德合作未來更輝煌的30年”的期望。德國總理默克爾稱贊合肥學院是“中德30年合作的光輝典范”。兩國總理共同決定在合肥學院設立中德教育合作示范基地及基金。