北京中醫(yī)藥大學創(chuàng)建于1956年，是中華人民共和國最早成立的高等中醫(yī)院校之一，是唯一一所進入國家“211工程”建設的高等中醫(yī)藥院校。2000年7月31日原北京中醫(yī)藥大學與原北京針灸骨傷學院合并，組成新的北京中醫(yī)藥大學，并成為直屬國家教育部管理的重點大學。

學校現(xiàn)設有基礎醫(yī)學院、中藥學院、針灸學院、管理學院、護理學院、國際學院、遠程教育學院、繼續(xù)教育學院、臨床醫(yī)學院、文法系、臺港澳中醫(yī)學部等教學機構。
學校致力于構建面向新世紀的以高層次教育為主體的人才培養(yǎng)體系，目前設有中醫(yī)學、中藥學、制藥工程、針灸推拿學、公共事業(yè)管理(衛(wèi)生事業(yè)管理)、工商管理(中藥企業(yè)管理)、護理學、英語（醫(yī)學）、法學（醫(yī)藥衛(wèi)生）9個專業(yè)。其中中醫(yī)學七年制含科研方向、針推對外交流方向、中西醫(yī)結合方向等9個培養(yǎng)方向班，分別與南開大學、清華大學、北京師范大學和中日友好醫(yī)院等單位聯(lián)合培養(yǎng)。
截止2003年9月，學校各類在校生達到16160名，其中本專科生5950名，碩士研究生688名，博士研究生356名，來自41個國家和地區(qū)的留學生758名，臺港澳學生416名，遠程教育學員4897名，繼續(xù)教育學員3095名。
我校是全國中醫(yī)藥院校中首批建立博士學科點和博士后科研流動站的單位之一，中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合醫(yī)學3個一級學科均具有博士學位授予權，并均設有博士后科研工作流動站。學校現(xiàn)有6個國家級重點學科，10個部局級重點學科，3個北京市重點學科，重點學科建設在全國中醫(yī)藥院校中保持領先地位。
學校現(xiàn)有教育部重點實驗室１個，北京市重點實驗室2個，國家中醫(yī)藥管理局重點研究室2個。學校是國家理科人才培養(yǎng)基地、國家生命科學與技術人才培養(yǎng)基地，建設有“教育部中藥制藥與新藥開發(fā)關鍵技術工程研究中心”、“教育部高等學校中醫(yī)藥現(xiàn)代化網(wǎng)上合作研究中心”，并與北京師范大學共建“國家大學科技園”。
創(chuàng)辦于1958年的附屬東直門醫(yī)院是學校臨床教學及醫(yī)療、科研基地。經(jīng)過半個世紀的艱苦創(chuàng)業(yè)，已發(fā)展成為一所醫(yī)教研力量雄厚、科室齊全、設備完善、綜合服務能力強并具有中醫(yī)專科專病的綜合性三級甲等醫(yī)院。附屬東方醫(yī)院于1999年開診，已建設成環(huán)境優(yōu)美、布局合理、設備先進、人才優(yōu)化、管理科學、醫(yī)療水一流、中醫(yī)突出、具有綜合服務功能的國家級現(xiàn)代化的綜合性中醫(yī)醫(yī)院。
建于1958年的藥廠擁有雄厚的技術力量、齊全的生產設備和先進的工藝技術，現(xiàn)已通過小劑量注射液GMP認證。其拳頭產品“清開靈注射液”自1992年以來連續(xù)三次被審定為全國中醫(yī)醫(yī)院急診首選必備藥品。
建校48年來，學校為國家培養(yǎng)各級各類中醫(yī)藥專門人才2萬余名，為世界87個國家和地區(qū)培養(yǎng)各類中醫(yī)藥人才2342名。幾年來，學校先后與19個國家和港、澳、臺地區(qū)建立了40個合作項目，與12個國家和地區(qū)的大學及學術團體合作開辦了教學分院和醫(yī)療機構。
學校主辦有國家一級學術期刊《北京中醫(yī)藥大學學報》、《北京中醫(yī)藥大學學報（中醫(yī)臨床版）》和《中醫(yī)教育》雜志，是中醫(yī)藥學術交流的重要園地。