福建中醫藥大學原名福建中醫學院，創建于1958年，是我國創辦較早的高等中醫藥院校之一，是福建省重點建設高校，2010年3月經教育部批準更名為福建中醫藥大學。

學校設有13個學院（部），2個研究院；有中醫學、中西醫結合等2個博士學位授權一級學科，17個博士學位授權點，有中醫學、中西醫結合、臨床醫學、藥學、中藥學、護理學等6個碩士學位授權一級學科，46個碩士學位授權點，有中醫學、中藥學、藥學、護理學等4個碩士專業學位類別；有中醫學、中西醫結合等2個博士后科研流動站；有中醫學、針灸推拿學、中西醫臨床醫學、臨床醫學、藥學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、市場營銷、護理學、公共事業管理、醫學影像學（醫學影像技術）、食品科學與工程、生物醫學工程、康復治療學、信息管理與信息系統、醫學實驗技術、醫學檢驗技術、海洋藥學等19個本科專業。現有全日制在校生1.2萬多人，其中研究生1400多人。

學校現有教職醫護員工3000多人，其中具有高級職稱的專業技術人員500多人；擁有一批國家和衛生部有突出貢獻的中青年專家、國務院特殊津貼專家、國家級名老中醫學術繼承人指導老師、全國百名杰出青年中醫、全國優秀教師等。

2002年和2007年，學校先后兩次在教育部組織的本科教學工作水評估中獲得“優秀”成績。2010年12月，中醫學專業通過教育部試點認證。，物理治療學（PT）和作業治療學（OT）專業通過世界物理治療聯盟（WCPT）、世界作業治療聯盟（WFOT）的認證。目前，學校擁有3門國家級精品課程、2個國家級教學團隊、4個國家級專業、1門國家級雙語教學示范課程、1個國家級人才培養模式創新實驗區、2門國家級精品視頻公開課、3門國家級精品資源共享課、1個國家級專業綜合改革試點、2項國家級卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點項目、1個國家級大學生校外實踐教育基地和60項國家級大學生創新創業訓練計劃項目。在兩屆教學成果評選中獲國家級二等獎1項，省級特等獎3項、一等獎5項、二等獎9項。

學校有20個國家中醫藥管理局重點學科。2003年以來，作為福建省重點建設高校之一，學校以學科建設，帶動其它相關內涵建設的發展，取得顯著成績。2008年，學校再次被列入福建省重點建設高校。

學校有1個國家發展和改革委員會國家地方聯合工程研究中心，1個教育部省部共建重點實驗室，1個國家中醫藥管理局中醫康復研究中心，3個國家中醫藥管理局重點研究室，8個國家（局級）三級科研實驗室，1個國家中醫藥管理局中醫藥文獻檢索中心，2個省級“2011協同創新中心”，18個省級各類重點實驗室、基地及工程技術研究中心。先后有547項科研成果受到國家和省市的獎勵，其中國家級科研成果獎12項。“十二五”以來，學校進一步推進科技創新，加大科研投入，共承擔科研課題2217項，其中國家級項目149項，省部級項目469項；獲省部級以上獎勵45項。特別是在國家科技支撐計劃項目、“973計劃”項目、國家自然科學基金重點項目、海峽兩岸科技合作聯合基金項目等國家級項目上取得突破。

學校有4所直屬附屬醫院，其中附屬康復醫院成為國內首家通過國際康復質量認證委員會（CARF）認證的康復專科醫院;有16所非直屬附屬醫院，54所教學醫院，50多所實（見）醫院，較好地滿足了不同層次臨床教學需要。有康復、肛腸、脾胃、外科等4個國家臨床重點專科，17個國家中醫藥管理局重點專科、專病。校本部設立國醫堂醫院，為社會提供服務。

學校擁有兩個校區，共占地1014畝，各類建筑總面積30多萬方米，教學科研儀器設備總值2億元，紙質、電子圖書文獻總量280萬冊。學校各類設施優良，配備了現代化的教學、科研、行政、生活等設施，建設了富有中醫藥文化氣息的人文景觀，是一個環境優美、文化濃郁的校園，被授予“全國中醫藥文化建設先進單位”和“全國綠化模范單位”榮譽稱號，已連續七次被福建省委、福建省人民政府授予“文明學校”榮譽稱號，并被列為全國文明單位培育對象。推進節約型校園建設，被確定為全國第一批“節約型公共機構示范單位”創建單位。

學校是內地第一所招收臺灣學生的中醫藥院校，現有各類在校海外學生300名，其中多數為臺灣學生；先后舉辦了11屆兩岸中醫藥學術研討會，形成了博士、碩士、本科、專科、短期進修等多層次、多規格、多形式的對臺教育格局。學校還與美國、德國、澳大利亞、日本、馬來西亞、臺灣、香港等國家和地區的高等院校、科研醫療機構、學術團體建立了穩定的合作關系。

在新的發展階段，學校以科學發展觀，秉承“大醫精誠，止于至善”的校訓精神，進一步更新觀念，開拓進取，努力把學校建設成為一所以中醫藥為主體，多學科協調發展，服務海峽西岸經濟區，具有鮮明辦學的教學研究型中醫藥大學。