nbsp; 學校的臨床醫學專業、預防醫學專業為教育部高等學校專業；臨床醫學（精神病與精神衛生方向）、護理學專業為省級專業。醫學免疫學被評為國家級精品課程。生理學、醫學免疫學、診斷學、藥理學、病理學、醫學化學等多門課程被評為省級精品課程。病理學與病理生理學、神經病學、心血管疾病研究診療中心、神經內科學為山東省重點學科；學校現有行為醫學、心血管疾病診治、職業衛生與環境醫學等省級重點實驗室。有山東省行為醫學研究所、心血管診療中心、神經生物學研究所等28個研究機構。
十一五以來，學校共承擔各級各類課題430余項，省部級課題40多項，其中國家自然科學基金7項、省自然科學基金及省科技攻關課題60余項、橫向合作課題包括國家科技部“十一五”支撐計劃、973、863項目子課題、國際合作項目20項，廳局級課題254 項，校級課題100余項。承擔課題總數同比增加88.5%，省部級以上課題總數同比增加162.5%，課題經費總量同比增加148 %，其中省自然科學基金項目立項實現了學校省自然基金立項的歷史性突破。在國內外學術期刊發表學術論文3700余篇；科研獎勵數量與2008年相比增長10%，發表論文數量增長63.4%。年在國際和全國各類學術會議交流學術論文800余篇，其中出席重要國際學術會議80余人次。
中華醫學會行為醫學分會和山東省行為醫學專業委員會掛靠我校，學校主辦的全國中文核心期刊??《中華行為醫學與腦科學雜志》和《濟寧醫學院學報》，面向國內外公開發行。
學校十分重視對外交流與合作，長期以來我校與美國麻省醫藥學院、澳大利亞南岸學院、瑞典卡羅林斯卡醫學院、臺灣慈濟大學醫學院等10多所國家和地區的高等學校、醫院和科研單位建立了長期合作關系。在教學、科研、醫療、師資培養等各個方面進行了卓有成效的合作和交流。學校定期選送部分本科生和研究生出國學習或聯合培養。
學校已連續24年被山東省人民政府授予“省級文明單位”，連續27年被濟寧市人民政府授予“市級文明單位”，年來，學校先后被授予山東拾省級文明校園”、“山東省德