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學校創建于1956年，由上海第一醫學院（現復旦大學上海醫學院）分遷來渝組建，原名重慶醫學院，1985年更名為重慶醫科大學。學校是國務院學位委員會批準的首批具有博士和碩士學位授予權的單位，是教育部批準的首批來華留學示范基地。學校2015年成為重慶市人民政府、國家衛生健康委員會（原國家衛生計生委）和教育部共建高校，2016年成為“高等學校學科創新引智計劃”（“111計劃”）首批立項的地方高校之一。

學校由位于渝中區的袁家崗校區和位于重慶大學城的縉云校區組成，校園總面積2650畝。其中，縉云校區占地2100畝，校園環境優美，風景如畫。

現有全日制在校學生25760人，其中研究生5740人，本科生19310人，留學生710人。學校具有招收博士后研究人員，港澳臺學生和外國留學生資格。學校現有7個一級學科博士學位授權點、12個一級學科碩士學位授權點，3個博士專業學位授權點、11個碩士專業學位授權點；4個國家重點學科，4個進入ESI全球前1%的學科（2018年3月，科睿唯安發布），4個重慶市一流學科，12個重慶市“十三五”市級重點學科。在教育部學位中心第四輪學科評估中，臨床醫學等學科排名全國前列。

學校設有21個學院（系），并設立研究生院。開設34個本科專業。有12個重慶市“三特行動計劃”專業，6個重慶市“三特行動計劃”學科專業群。臨床醫學專業已通過臨床醫學國際專業認證，口腔醫學、護理學專業已通過教育部專業認證。現擁有4個國家級實驗教學示范中心，4門國家級精品資源共享課、3門國家級精品視頻公開課。學校現有“973”首席科學家2人、 國家“”專家7人、“”6人、國家“百千萬人才工程”人選9人，以及國務院“政府特殊津貼”獲得者、“衛生部突出貢獻中青年專家”、“國家杰出青年科學基金”獲得者、“國家優秀青年科學基金”獲得者、教育部“新世紀優秀人才支持計劃”人選、重慶市“兩江學者”、“首席專家工作室領銜專家”、學術技術帶頭人等高層次人才逾百人。教師總數2220人，其中高級專業技術人員1340人。博士生導師239人。現有5個博士后科研流動站。

學校堅持自主創新，科學研究能力和水不斷提升，“十二五”以來，牽頭承擔國家科技重大專項、國家重大科研儀器設備研制專項、國家重大科學研究計劃項目、國家重點研發計劃項目、國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）項目、國家高技術研究發展計劃（863計劃）項目、國家科技支撐計劃項目、教育部新世紀優秀人才項目、國家自然科學基金項目等960余項。獲各類科技成果獎勵120余項，其中國家科技進步二等獎3項，重慶市科學技術獎、中華醫學科技獎等省部級以上獎勵60余項。學校獨立研制的高強度聚焦超聲腫瘤治療系統（海扶刀）屬世界首創，是我國第一臺具有完全自主知識產權的大型醫療設備。

學校現有國家級、省部級研究機構44個，其中國家工程研究中心1個、國家生物產業基地實驗動物中心1個、國家級國際科技合作基地1個、教育部重點實驗室3個、教育部國際合作聯合實驗室1個、省部共建國家重點實驗室培育基地1個、省級工程研究中心5個，省級重點實驗室23個，重慶市國際科技合作基地1個、重慶市臨床醫學研究中心6個、省級人文社科基地1個。另設有省級“海外高層次人才創新創業基地”和“院士專家工作站”。學校積極開展國內外交流合作。年來，學校與歐洲、亞洲、北美洲、大洋洲的20個國家和地區的44所教育或醫療衛生機構建立了合作關系，其中包括美國達特茅斯學院、加拿大不列顛哥倫比亞大學、英國倫敦大學學院等國際名校，廣泛開展師生交流和國際科研合作。 同時，與復旦大學、華中科技大學等“雙一流”建設高校開展長學制醫學生的聯合培養。

學校現有直屬附屬醫院9所（綜合性醫院5所，兒童醫院、口腔醫院、康復醫院、中醫院各1所）。附屬第一醫院、附屬兒童醫院、附屬第二醫院連續6年入選“中國最佳醫院排行榜”百強（復旦大學醫院管理研究所發布），2016年分別排名第52位、第58位、第93位。各直屬附屬醫院共擁有國家臨床重點專科28個，編制床位11000余張，年門診量1035萬人次，年收治住院病人40萬人次。此外，學校還有20所非直屬附屬醫院和30所教學醫院，分布在重慶、四川及深圳等地。