世紀初中國高等教育必然要向兩個方向發展：一是精英教育，二是大眾化教育。為了防止精英教育受到大眾化教育的沖擊出現質量的下降，在高等教育大眾化實施過程中，必須保護精英教育。在今天看來，他的預言被一一印證。

針對學術研究領域出現的浮躁風，潘懋元常告誡學生，理論研究要避免“大、空、洋”，“大”就是題目大、口氣大，認為別人的研究一無是處，只有自己的理論是“填補空白”的；“空”即空對空，研究的結論純粹是由理論推導出來，空話連篇；“洋”就是喜歡搬洋人的話，以壯大自己的聲勢。而真正有原創力的理論，必須來源于實踐、指導實踐。

潘懋元提倡廣泛調查、深入考察、參與教育實踐，盡可能使科研成果客觀一些、科學一些，并充分考慮科研成果的可行性。他的學生王琪說：“先生出去，從來不急于提觀點、講意見，而是要求大家調查、再調查。”

雖然對學生要求嚴格，但潘懋元堅持尊重學生觀點。在博士生選擇學位論文選題時，他總是充分尊重學生，他說，學生選的題往往是自己感興趣的問題，也是從自己的知識結構或工作經歷中引發出來的。學生自己選的題，就會其樂無窮地去探究，就不會覺得苦，往往會得出新的觀點。

這幾年，潘懋元設立“懋元獎”，從個人積蓄中拿出40萬元，對優秀年輕師生給予獎勵。他說：“我個人在物質生活上已經沒有什么可追求的了，最大的樂趣是得天下英才而育之。”