復旦大學上海醫學院（原上海醫科大學）創建于1927年，創立時名為國立第四中山大學醫學院，是中國創辦的第一所國立大學醫學院，顏福慶出任首任院長。1932年，獨立為國立上海醫學院，為當時中國唯一的國立醫學院。1939年，因抗戰爆發內遷至云南昆明。1940年，輾轉遷至四川重慶。1946年，抗戰勝利，遷回上海。1952年，更名為“上海第一醫學院”。1959年，被定為全國16所重點高等學府之一。1985年，更名為“上海醫科大學”。2000年，上海醫科大學和復旦大學合并辦學，組建成為新的復旦大學。2011年，新的上海醫學院成立，作為復旦大學黨政的派出機構，根據學校的授權，在大醫口的人才培養、科學研究、學科建設、發展規劃、資源配置、對外交流等方面，行使相對獨立的管理權限。

有直屬院系所8個。設有本科專業9個：臨床醫學（八年制）、臨床醫學（五年制）、臨床醫學（六年制）、基礎醫學、法醫學、預防醫學、公共事業管理、藥學、護理學，高職專業1個：護理。有博士學位授予權的一級學科9個（醫學門類6個，非醫學門類3個），設有博士后科研流動站8個：生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、藥學、公共管理（醫）、護理學。現有博士研究生1 892人（含港澳臺3人，留學生11人），碩士研究生2 365人（含港澳臺25人，留學生48人），普通本科生3 056人（含港澳臺64人，留學生179人），專科生702人，共計8 015人。有專任教師455人、專職科研人員97人，其中高級職稱435人。有中國科學院院士4人（楊雄里、沈自尹、王正敏、葛均波），中國工程院院士5人（湯釗猷、陳灝珠、顧玉東、聞玉梅、周良輔），教育部“獎勵計劃”特聘教授23名，講座教授9名，“國家重點基礎研究發展計劃（含重大科學研究計劃）”項目首席科學家17人，國家杰出青年基金獲得者26人，國家自然科學基金優秀青年基金獲得者7人。

有一級學科國家重點學科3個：生物學、基礎醫學、中西醫結合，二級學科國家重點學科12個：內科學（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、眼科學、眼耳鼻喉科學、腫瘤學、婦產科學、流行病學與衛生統計學、藥劑學、社會醫學與衛生事業管理；有國家重點實驗室1個：醫學神經生物學，教育部重點實驗室5個：醫學分子病毒學、代謝分子醫學、智能化遞藥、公共衛生安全、癌變與侵襲原理，衛計委（衛生部）重點實驗室9個：糖復合物、抗生素臨床藥理、手功能重建、衛生技術評估、醫學分子病毒學、聽覺醫學、視眼、病毒性心臟病、新生兒疾病，上海市重點實驗室8個：周圍神經顯微外科、醫學圖像處理與計算機輔助技術、器官移植、女性生殖內分泌相關疾病、視覺損害與重建、乳腺腫瘤、出生缺陷防治、老年醫學臨床。

上海醫學院全面進入校區改擴建工程建設階段，已啟動一號醫學科研樓、二號醫學科研樓、學生書院、醫科圖書館、綜合游泳館、地下停車庫的樓宇建設。

附屬醫院16所（含籌），分別是復旦大學附屬中山醫院、復旦大學附屬華山醫院、復旦大學附屬腫瘤醫院、復旦大學附屬婦產科醫院、復旦大學附屬兒科醫院、復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院、復旦大學附屬金山醫院、復旦大學附屬上海市第五人民醫院、上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心、復旦大學附屬華東醫院、復旦大學附屬浦東醫院、復旦大學附屬精神衛生中心（籌）、復旦大學附屬青浦區中心醫院（籌）、復旦大學附屬靜安區中心醫院（籌）、復旦大學附屬閔行區中心醫院（籌）、復旦大學附屬口腔醫院（籌）。